Fakultas Ilmu Komputer merupakan salah satu dari 12 (dua belas) Fakultas yang dibina oleh Universitas Muslim Indonesia yang berada dibawah naungan Yayasan Badan Wakaf UMI. Berawal pada pemikiran pimpinan Universitas Muslim Indonesia dalam rangka melihat betapa berkembang pesatnya Sistem Informasi di dunia global dewasa ini. Indonesia umumnya dan khususnya Kawasan Indonesia Timur sangat dibutuhkan sumber daya manusia di bidang Teknologi Informasi.

Awal didirikan pada tanggal 10 Desember 1999 berdasarkan Surat Keputusan Mendikbud Republik Indonesia Nomor 486/DIKTI/KEP/1999. Sejak awal didirikan, Fakultas Ilmu Komputer hanya membina 1 (satu) Program Studi yakni Program Studi Teknik Informatika. Sebagai hasil dari upaya untuk melakukan perbaikan dalam pengelolaannya, maka program studi tersebut telah memperoleh status terakreditasi dari Badan Akreditasi Nasional dengan SK Nomor 007/BAN-PT/Ak-VII/S1/III/2004, tanggal 12 Maret 2004, yang kemudian melakukan re-akreditasi pada tahun 2007 berdasarkan SK Nomor 016/BAN-PT/Ak-X/S1/III/2007, tanggal 3 Agustus 2007.

Dalam perkembangannya, pada tahun 2013 Fakultas Ilmu Komputer membuat lokakarya perubahan kurikulum yang mengacu pada kurikulum APTIKOM. Dan pada lokakarya ini, Fakultas Ilmu Komputer dengan Program Studi Teknik Informatika memiliki tiga bidang peminatan/konsentrasi, diantaranya Rekayasa Perangkat Lunak, Komputasi Jaringan dan Industri Informatika.

Pada tahun 2014 Fakultas Ilmu Komputer membentuk Unit Studio Informatika. Unit ini dibentuk sebagai lembaga pelatihan dan ujian sertifikasi bagi Dosen, Karyawan, Mahasiswa, Praktisi dalam lingkup UMI atau UMUM. Dalam perkembangannya unit Studio Informatika telah banyak bekerjasama dengan berbagai lembaga / instansi dalam dan luar negeri untuk menunjang kegiatan pada Studio Informatika. Kerjasama yang telah dibentuk diantaranya dengan Perusahaan Mikrotik yang bergerak dibidang teknologi Jaringan Komputer. Fakultas Ilmu Komputer telah mengutus salah satu tenaga pengajar untuk mengikuti ujian MTCNA dan MTCRE dan telah telah berhasil lulus dengan grade di atas 75. Hal ini memungkinkan Fakultas Ilmu Komputer - UMI dalam hal ini Studio Informatika akan membuka Mikrotik Academy untuk Mahasiswa / Dosen / Praktisi dalam bidang keilmuan Jaringan Komputer. Gambar di bawah ini merupakan hirarki ujian sertifikasi pada Miktorik.